Per decifrare un file occorre selezionarlo col tasto destro del mouse e scegliere l'opzione Decript del sottomenù PGP. Il programma chiede all'utente di inserire la propria pass-phrase e, se risulterà esatta, il file verrà decifrato.

Per verificare l'autenticità della firma apposta dal mittente su di un file, occorre invece, selezionare il file firmato con il tasto destro del mouse e selezionare l'opzione Decrypt/Verify. Pgp chiede all'utente di inserire la propria pass-phrase, se questa risulterà corretta il programma fornirà sia il file di output in chiaro, sia il messaggio (in un'apposita finestra PGPlog) sulla validità o meno della firma.